» Microbiote intestinal (flore intestinale). Une piste sérieuse pour comprendre l’origine de nombreuses maladies

Gauguier D, Neunlist M, Sokol H, Zitvogel L. Inserm, 2021.

Le microbiote intestinal humain abrite entre 10¹² et 10¹⁴ micro-organismes, principalement localisés dans le côlon, où leur concentration atteint jusqu’à 10 000 milliards de bactéries par millilitre. Du fait de l’acidité gastrique, l’estomac héberge cent millions de fois moins de bactéries commensales que le côlon ! Chaque individu possède en moyenne 160 espèces bactériennes, dont seulement 15 à 20 sont communes à tous. Cet écosystème unique joue un rôle essentiel dans la digestion, l’immunité et la santé mentale.

» Microbiote intestinal et développement du système immunitaire

Gaboriau-Routhiau V, Cerf-Bensussan N. Medecine/ sciences, Vol. 32, n°11, novembre 2016.

97 % de la masse vivante sur notre planète sont constitués par des microorganismes. Chez les mammifères et notamment chez l’homme, les densités bactériennes peuvent atteindre respectivement 10⁸ à 10¹² bactéries/ml dans la dernière partie de l’intestin grêle et le côlon. Chez l’homme, le microbiote est composé de plus de 1 000 espèces. Son impact sur le développement et le façonnage des réponses immunes fait aujourd’hui l’objet de travaux nombreux, qui démontrent le caractère dynamique du dialogue entre l’hôte et son microbiote.

» Livre blanc : Bénéfices et risques pour la santé de la consommation de fromages - Intérêts de la biodiversité microbienne

Miszczycha S. Fondation pour la Biodiversité fromagère, 2024.

Cet ouvrage scientifique, basé sur plus de 2 500 études publiées, propose une synthèse rigoureuse et objective des connaissances actuelles sur les effets des fromages, notamment au lait cru, sur la santé humaine. Il met en lumière la biodiversité microbienne des fromages, en particulier celle spécifiquement riche des fromages au lait cru, et explore son rôle potentiel dans la santé du microbiote intestinal. Cependant, l’industrialisation, et les pratiques qui en découlent, ont entraîné une réduction de cette diversité, soulevant des questions cruciales sur ses implications pour l’équilibre alimentaire et la santé publique.

» Protocole National de Diagnostic et de Soins (PNDS) Syndrome du grêle court de l’enfant

Centre de référence des maladies rares digestives (MaRDi), 15 juin 2023.

Ce PNDS traite spécifiquement du syndrome du grêle court (SGC) chez l’enfant. Il présente les critères diagnostics essentiels ainsi que les principes de prise en charge adaptés à l’enfant : nutrition spécifique, suivi régulier pluridisciplinaire, et stratégie ciblée pour améliorer l’adaptation intestinale. En effet, des déséquilibres du microbiote peuvent provoquer des complications telles que la pullulation bactérienne intestinale, l’acidose D-lactique, ou la dysbiose intestinale. Comprendre ces mécanismes est essentiel pour préserver la diversité du microbiote et ainsi minimiser les risques associés au SGC.

» Consommation d’antibiotiques et résistance aux antibiotiques en France : Soyons concernés, soyons responsables !

Assurance Maladie, ANSES, ANSM, Santé Publique France, 2017.

La surconsommation d’antibiotiques en santé humaine perturbe gravement la flore digestive en favorisant la sélection de bactéries résistantes, notamment Escherichia coli. Ces bactéries résistantes, présentes naturellement à faible niveau dans l’intestin, deviennent prédominantes sous pression antibiotique, rendant les infections plus difficiles à traiter et pouvant conduire à des impasses thérapeutiques majeures. La maîtrise de la consommation d’antibiotiques est essentielle pour préserver l’efficacité thérapeutique et la santé digestive globale.

» Le Programme et équipements prioritaires de recherche (PEPR) Systèmes alimentaires, microbiome et santé (SAMS)

Ministère chargé de l'enseignement supérieur et de la recherche, Plan France 2030, décembre 2024.

Financé par le plan France 2030, ce programme associe les enjeux de production agricole au respect de l’environnement, au service d’une alimentation préservant la santé de tous. Confié à l’Inserm et à INRAE, il doit éclairer les politiques publiques et les filières alimentaires tout en anticipant l’alimentation de demain. L’une des clés du programme, dont l’un des volets est consacré aux « Microbiomes et santé », sera de mieux comprendre le rôle joué par les facteurs environnementaux dans l’altération du microbiote et l’évolution des microbiomes tout en appréhendant plus finement la relation entre les microbiomes et leurs hôtes. L’objectif est de définir les pistes d’action pour préserver et restaurer la santé, grâce à de nouvelles approches thérapeutiques.

» La transplantation de microbiote fécal et son encadrement dans les essais cliniques

Agence Nationale de Sécurité du Médicament et des produits de santé (ANSM), novembre 2016.

L’ANSM encadre la transplantation de microbiote fécal pour garantir la sécurité des patients. Cette technique introduit les selles d’un donneur sain dans l’intestin d’un patient pour restaurer sa flore microbienne altérée, principalement utilisée contre les infections récurrentes à Clostridium difficile. Considéré comme un médicament en France, son utilisation est recommandée dans le cadre d’essais cliniques stricts avec une sélection rigoureuse des donneurs, des tests approfondis d’agents infectieux, une préparation contrôlée par une pharmacie hospitalière et une traçabilité minutieuse du processus.

» Effets des probiotiques et prébiotiques sur la flore et l'immunité de l'homme adulte

Agence Française de sécurité sanitaire des aliments (Afssa), février 2005.

Les probiotiques sont des micro-organismes vivants qui, consommés en quantités adéquates, procurent un bénéfice santé à l’hôte en influençant positivement la flore intestinale. Les prébiotiques, quant à eux, sont des ingrédients alimentaires non digestibles favorisant sélectivement la croissance ou l’activité de certaines bactéries bénéfiques du côlon, améliorant ainsi la santé intestinale. Ces deux composés agissent notamment sur la modulation de l’immunité et le maintien de l’équilibre intestinal.

» Projet HARMI (Harnessing Microbiomes for Sustainable Development)

Université Bourgogne-Franche-Comté.

Le projet HARMI a pour objectif de mieux comprendre les microbes et leurs interactions avec d’autres organismes vivants afin de mieux les utiliser pour faire face aux problématiques mondiales actuelles. Ce projet, reposant sur une stratégie de recherche et de formation articulée en quatre axes, rassemble plus de 250 chercheurs issus de laboratoires universitaires de l’université de Bourgogne, de l’université de Franche-Comté, de l’Institut Agro Dijon, des organismes nationaux de recherche avec INRAE et le CNRS, des CHU de Besançon et de Dijon Bourgogne ainsi que des entreprises locales.

» Microbiote des jeunes enfants et lait cru : les derniers enseignements de l'étude PASTURE

Vuitton D-A, Colloque scientifique de la Fondation pour la biodiversité fromagère, 14 septembre 2021.

Dominique-Angèle Vuitton, professeur d’immunologie clinique à l’Université de Franche-Comté, explique pourquoi il est particulièrement intéressant, d’un point de vue santé, de faire consommer régulièrement aux jeunes enfants des produits qui contiennent des microbiotes complexes, pour qu’ils aient un système immunitaire de bonne qualité. En effet, l’étude européenne PASTURE, révèle que la consommation régulière de fromage entre 12 et 18 mois réduit significativement à 6 ans le risque d’eczéma atopique, d’allergies alimentaires, d’asthme et de rhinite allergique.

» Antibiorésistance et environnement. État et causes possibles de la contamination des milieux en France

Agence nationale de sécurité sanitaire alimentation, environement travail (Anses), rapport d’expertise collective, novembre 2020.

La surutilisation des antibiotiques chez l’humain et l’animal entraîne une antibiorésistance croissante. En France, on estime que 38 000 décès annuels sont liés à ce phénomène. Les antibiotiques stables, comme les fluoroquinolones, persistent dans l’environnement via les effluents d’élevage et les stations d’épuration. Ainsi, la consommation de produits animaux traités aux antibiotiques pourrait déséquilibrer le microbiote intestinal, favorisant l’implantation de bactéries résistantes. Adopter le concept « One Health » et réduire l’usage des antibiotiques sont essentiels pour contrer cette menace.

» Le microbiome humain à l’épreuve de l’anthropocène. De la corrélation à la causalité et à l’intervention

Sansonetti P. J, Doré J. Médecine/sciences n° 10, vol. 40, octobre 2024.

Cet article met en lumière l’impact du mode de vie moderne sur la diversité et la richesse du microbiome humain, particulièrement intestinal. Cette perte de diversité, favorisée par l’usage massif d’antibiotiques et la transformation des habitudes alimentaires, pourrait augmenter les risques de maladies chroniques comme l’asthme, l’obésité, le diabète, les allergies ou certains cancers. Le défi actuel est de mieux comprendre le lien de causalité entre dysbiose et pathologies émergentes, et d’explorer des approches préventives ou thérapeutiques innovantes comme la restauration ciblée du microbiome.

» Le microbiote oral : un gardien silencieux de notre santé !

Doglio A. Revue d’Orthopédie Dento-Faciale, Vol. 58-3, 2024.

Le microbiote oral constitue un écosystème complexe indispensable à la santé bucco-dentaire ainsi qu’à la santé globale. Il participe à la défense immunitaire, régule le pH buccal et limite la prolifération des agents pathogènes. À l’inverse, une dysbiose provoque non seulement les affections bucco-dentaires (caries, gingivites, parodontites), mais pourrait également favoriser l’apparition de maladies systémiques telles que le diabète, les troubles cardiovasculaires ou digestifs.

 

 

» Un additif alimentaire couramment utilisé altèrerait le microbiote et l’environnement intestinal humain

Chassaing B, Compher C, Bonhomme B, Liu Q, Tian Y. et al. Gastroenterology, vol. 162, Issue 3, mars 2022.

Le carboxyméthylcellulose (CMC), un additif alimentaire courant, perturbe le microbiote intestinal humain. Chez des volontaires sains, sa consommation a réduit des bactéries bénéfiques comme Faecalibacterium prausnitzii et appauvri les métabolites favorables à la santé. Certains participants ont aussi présenté des douleurs abdominales et une proximité accrue des bactéries aux parois intestinales, signe associé à des maladies inflammatoires. Bien qu’aucune pathologie n’ait été observée à court terme, ces résultats suggèrent que le CMC pourrait, à long terme, favoriser des troubles inflammatoires chroniques.

» Le microbiome intestinal du sportif de son impact sur la santé et la performance : une analyse

O’Brien M. T, O’Sullivan O, Claesson M. J, Cotter P. D, Sports Medicine, n°52, novembre 2022.

Cette étude irlandaise traite de l’interaction bidirectionnelle entre le microbiote intestinal et l’activité physique. En effet, celle-ci améliore la diversité du microbiote, renforce la barrière intestinale et stimule la production d’acides gras à chaîne courte bénéfiques. En retour, certaines bactéries – comme Veillonella atypica – métabolisent le lactate pour produire des carburants musculaires améliorant l’endurance, et des probiotiques ont montré des gains de performance chez la souris et chez l’homme. Toutefois, un sport intense et prolongé peut perturber l’équilibre intestinal, augmenter l’inflammation et provoquer des troubles digestifs.

» Etude pilote concernant l'influence du microbiote intestinal sur l'anxiété via la prise de probiotiques

Brault M. Mémoire Psychologie clinique intégrative, orientation cognitive, Université de Genève, août 2021.

Cette étude pilote vise à tester l’hypothèse suivante : la prise de probiotiques influencerait le microbiote et entrainerait la diminution du niveau d’anxiété, participant ainsi à l’amélioration des capacités cognitives. A partir de tâches mesurant l’anxiété et la cognition effectuées avant et après la prise de probiotiques, les données montrent que les sujets hautement anxieux du groupe probiotiques voient leurs anxiétés diminuer, ce qui n’est pas observable dans le groupe placebos.

» Le sucre alimentaire neutralise un facteur de colonisation dans un symbiote intestinal de mammifère

Townsend G. E, Han W, Schwalm N. D, Raghavan V, Barry N. A, Goodman A. L, Groisman E. A. PNAS, vol. 116, n°1, janvier 2019.

Les sucres simples (glucose, fructose), courants dans les régimes occidentaux, perturbent l’équilibre du microbiote intestinal en inhibant l’expression d’une protéine clé pour la colonisation bactérienne bénéfique (Bacteroides thetaiotaomicron). À l’inverse, une alimentation riche en fibres (polysaccharides) soutient cette colonisation bénéfique. Ces résultats soulignent l’importance cruciale de réduire les sucres ajoutés et de favoriser un régime alimentaire riche en fibres pour maintenir un microbiote intestinal sain, essentiel à la santé globale.

» Comment les fibres nous protègent du diabète et de l’obésité

De Vadder F, Kovatcheva-Datchary P, Goncalves D, Vinera J, Zitoun C, Duchampt A, Bäckhed F, Mithieux G. Cell, vol 156, Issue 1-2, janvier 2014.

Une étude franco-suédoise menée par l’Inserm, le CNRS et l’Université Claude Bernard Lyon 1 a révélé que les fibres fermentescibles, présentes dans certains fruits et légumes, sont transformées par le microbiote intestinal en acides gras à chaîne courte. Ces acides stimulent la production de glucose par l’intestin, qui envoie des signaux au cerveau pour réduire la faim, augmenter la dépense énergétique et diminuer la production hépatique de glucose. Ce mécanisme protège contre l’obésité et le diabète, soulignant l’importance des fibres dans l’alimentation.

» Production de ligands du récepteur des hydrocarbures aryliques par le microbiote intestinal : une nouvelle cible thérapeutique dans la maladie cœliaque

Lamas B, Hernandez-Galan L, Galipeau H. J, Constante M. et al, Science translational medicine 12, 21 octobre 2020.

Des chercheurs de l’INRAE et de partenaires internationaux ont découvert que les patients atteints de la maladie cœliaque présentent une réduction des dérivés du tryptophane, essentiels à l’activation des récepteurs AhR, jouant un rôle anti-inflammatoire. Chez des souris modèles, l’enrichissement alimentaire en tryptophane ou l’administration du probiotique Lactobacillus reuteri ont atténué l’inflammation intestinale liée au gluten. Ces résultats ouvrent la voie à de nouvelles approches thérapeutiques complémentaires au régime sans gluten.

» Le butyrate, un métabolite des bactéries intestinales, améliore le sommeil

Szentirmai E, Millican N. S, Massie A. R, Kapás L. Scientific Reports, vol. 9, article 7035, mai 2019.

Le microbiote intestinal, en produisant du butyrate (acide gras à chaîne courte), améliore le sommeil profond. Chez la souris, un gavage oral de tributyrine l’augmente significativement et réduit la température corporelle. Chez le rat, seule une injection intraportale produit cet effet, indiquant un mécanisme impliquant la veine porte ou le foie, reliant directement l’activité bactérienne intestinale à la régulation du sommeil.

» Activité physique adaptée sur prescription médicale, le Parcours d’Accompagnement Sportif pour la Santé (PASS)

EsPASS Réseau des professionnels de Sport santé BFC.

Le Réseau Sport Santé Bourgogne-Franche-Comté accompagne les patients en Affection de Longue Durée (ALD) vers la prescription d’une Activité Physique Adaptée (APA). Il leur offre des outils pratiques incluant informations pédagogiques, conseils personnalisés et suivi de leur activité. Grâce à une ordonnance médicale spécifique, ces patients bénéficient d’une prise en charge partielle des frais liés à leur abonnement sportif. Cette démarche favorise la santé intestinale, l’activité physique ayant démontré dans plusieurs études scientifiques son efficacité à améliorer l’état et la diversité de la flore digestive.

» Journée de la FHU InCREASe Microbiote & Pathologies Inflammatoires

Besançon, 2 mars 2017.

En partenariat avec les CHU et les universités de Dijon et de Besançon entre autres, la journée de la FHU InCREASe a réuni des spécialistes pour discuter du microbiote intestinal et de son lien avec les maladies inflammatoires. Les échanges ont porté sur le rôle essentiel des bactéries intestinales dans la santé humaine, mais aussi sur leur implication dans certaines maladies chroniques. Plusieurs présentations ont montré comment des déséquilibres du microbiote peuvent provoquer une inflammation persistante, notamment chez des patients transplantés rénaux. Des solutions innovantes ont été proposées, utilisant les propriétés anti-inflammatoires naturelles de certaines cellules du corps humain pour améliorer le traitement de ces maladies.

» Microbiote et psychiatrie : quel lien ?

Pr Haffen E. Conférence débat UNAFAM, 18 novembre 2017.

le Pr Emmanuel Haffen (CHU de Besançon) a animé une conférence à Dijon sur les interactions entre microbiote intestinal et santé mentale. Les recherches récentes révèlent une communication étroite entre intestin et cerveau, notamment via des mécanismes inflammatoires, suggérant que le microbiote pourrait influencer l’apparition et le maintien de troubles psychiatriques. Cette conférence, organisée par l’Unafam (Union Nationale des Amis et Familles de personnes Malades et/ou handicapées psychiques), Reaap21 (Réseau d’Ecoute, d’Appui et d’Accompagnement des Parents), la Ville de Dijon et le CH La Chartreuse, visait à sensibiliser le public à ces avancées.

» Groupe d’Etude du Microbiote (GEM)

Hopices civils de Lyon (HCL)

Le Groupe d’Etude du Microbiote des HCL regroupe les principaux acteurs académiques de la recherche translationnelle sur le microbiote du bassin lyonnais. Il a pour objectif de structurer et accélérer la recherche clinique et translationnelle sur le microbiote au niveau régional pour développer au service des patients, des traitements et des outils de soin innovants issus de la science du microbiote.

» Projet Le French Gut, le microbiote français

Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (INRAE)

Le projet Le French Gut vise à cartographier le microbiote intestinal français. Il propose aux participants des outils pratiques : informations détaillées, participation active via questionnaires et prélèvements, retours d’analyses personnelles, et conseils adaptés pour améliorer leur microbiote. À l’échelle collective, ce projet sensibilise la population au rôle essentiel du microbiote sur la santé, devient une référence nationale, promeut une alimentation variée, et ouvre la voie à une nutrition préventive potentiellement personnalisée, bénéfique pour prévenir les maladies chroniques.

» Évaluation des stratégies modulant le microbiote intestinal à proposer aux patients en soin primaire pour la prévention de l'obésité : une revue de la littérature

Polette E, thèse de médecine, Université Montpellier, 11 octobre 2022.

Cette revue narrative de 56 études (2011-2021) évalue les stratégies de modulation du microbiote intestinal pour prévenir l’obésité en soins primaires. Elle analyse l’influence de facteurs précoces (mode de délivrance, allaitement, nutrition, antibiotiques prénatals et infantiles, produits ménagers), de l’activité physique, d’aliments riches en fibres ou fermentés (avocat, noix, yaourt, kimchi) et de régimes végétalien ou hypocalorique. Sont aussi passés en revue les prébiotiques, probiotiques et compléments alimentaires. Les données soutiennent un potentiel préventif, mais réclament des recherches supplémentaires.

 

» Exposition Microbiote D’après « le charme discret de l’intestin »

Métropole Grand Lyon, du 16 février au 30 juin 2024.

Accessible dès 10 ans à la Cité Internationale de la Gastronomie de Lyon, cette exposition, inspirée du best‑seller « Le charme discret de l’intestin », explore le rôle essentiel du microbiote intestinal. Elle illustre comment chaque individu possède un microbiote unique (un écosystème de bactéries, virus et champignons) influencé par l’alimentation, l’environnement et le mode de vie combine outils interactifs, vidéos et interviews (agriculteurs, chercheurs, médecins) pour montrer le lien vital entre nutrition, digestion et santé (immunité, bien-être mental).

» Bilan des campagnes de lutte contre les antibiotiques en santé humaine

Caisse nationale de l’Assurance Maladie (Cnam), 16 novembre 2017.

Les campagnes de lutte contre les antibiotiques en santé humaine visent à améliorer leur utilisation pour prévenir les résistances bactériennes. Elles s’adressent spécifiquement aux patients, médecins, et professionnels de la petite enfance (personnels de crèches, maternelles, enseignants, directeurs d’écoles et personnels d’assistance). L’objectif est de modifier les comportements et perceptions autour des antibiotiques, en soulignant que leur usage excessif les rend moins efficaces et nuisibles, entre autres, à la diversité et la richesse de la flore intestinale.

» Podcast "Les bienfaits de la fermentation"

Rebeihi A. épisode de Grand bien vous fasse ! France Inter, 2025.

Les aliments fermentés offrent de nombreux bienfaits sur notre santé : le yaourt, le kéfir ou la choucroute sont riches en micro-organismes bénéfiques. Bien que leur consommation ne modifie pas durablement le microbiote intestinal, elle peut influencer positivement les composés qu’il produit, contribuant ainsi à la santé digestive et immunitaire. Cependant, une consommation excessive peut entraîner des effets indésirables, comme des réactions à l’histamine ou une surcharge en éthanol. Il est donc recommandé de les intégrer avec modération dans une alimentation équilibrée.

» La série documentaire : Microbiote : tous en selles !

Maillot E. Podcast France Culture, novembre 2023.

Cette série de quatre épisodes plonge au cœur de ce qui nous est invisible et qui vit pourtant en nous : notre microbiote. Comment en notre flore intestinale ces milliards de micro-organismes peuvent influencer nos vies, notre santé, notre avenir et même nos identités ?
Élodie Maillot enquête sur cet univers inconnu et invisible, avec des artistes, des chercheurs, des médecins, des chefs, des entrepreneurs ou des trafiquants de microbes, elle compare son microbiote à celui d’un chasseur-cueilleur tanzanien, cultive des microbes en bocaux, et sonde les perspectives d’autoportraits artistiques qu’offre cette vision neuve de l’humain…

» e-Bug - Des ressources éducatives sur les microbes et les infections

Eduscol, Ministère de l’éducation nationale, de l’enseignement supérieur et de la recherche

Les antibiotiques ciblent les bactéries pathogènes, mais ils éliminent aussi les bactéries utiles du microbiote intestinal. Ce déséquilibre peut provoquer des troubles digestifs tels que des diarrhées. Leur usage excessif ou incomplet favorise la sélection de bactéries résistantes, exacerbant l’antibiorésistance. Dans les ressources e‑Bug pour collégiens, des expériences en laboratoire reproduisent ces effets : on observe l’impact des antibiotiques sur la flore et la résistance bactérienne, sensibilisant ainsi les élèves à l’importance d’une utilisation responsable.

» Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (INRAE)

L’INRAE travaille à comprendre les liens entre santé humaine, alimentation et environnement dans une perspective d’alimentation durable, favorable à notre santé, et accessible à tous. Il participe au développement de la connaissance du microbiote humain et animal grâce à son unité de recherche MétaGénopolis, qui collecte et analyse des échantillons et produit des connaissances scientifiques. Le dossier « Microbiote » rassemble ici de nombreuses ressources pour mieux le connaître : vidéos, quiz, recherches, actus…

» L’Observatoire International des Microbiotes

Cette étude internationale a pour ambition de sensibiliser le grand public et les professionnels de santé aux comportements à adopter et à l’importance de leur microbiote sur leur santé. Depuis 2023, elle étudie chaque année les connaissances, les comportements et évolutions des populations dans les onze pays sondés.

» Microbiome Foundation

La Microbiome Foundation s’engage pour améliorer le bien-être et la santé de chacun via une meilleure compréhension du rôle du microbiote intestinal. Elle a pour double objectif de financer la recherche médicale sur le microbiote intestinal (en lien avec les maladies de l’appareil digestif et les maladies métaboliques) et d’autre part, de sensibiliser le grand public sur l’importance de se constituer et de préserver un microbiote sain.

» Fondation pour la Recherche Médicale (FRM)

Fondée en 1947 par des médecins et des chercheurs, la FRM encourage, sélectionne et finance les projets de recherche médicale les plus prometteurs, en adoptant une démarche pluridisciplinaire. En soutenant ces divers projets de recherche, la FRM permet d’en apprendre davantage sur le rôle du microbiote intestinal dans le développement des maladies.